A Rio Amambai Agroenergia iniciou suas atividades em 2016, quando a AMERRA Capital Management, gestora de fundos de investimentos de Nova York, juntamente com a CarVal Investors, braço de investimentos independente da multinacional americana Cargill, adquiriram os ativos de uma planta industrial localizada no município de Naviraí/MS e de canaviais implantados no mesmo município e região, por meio de um leilão judicial.

​

No ano subsequente, a AMERRA tornou-se a única acionista da empresa, iniciando, então, a reforma e modernização da planta industrial, renovando e tratando adequadamente os canaviais, tendo, inclusive, incorporado novas áreas à produção de cana-de-açúcar, e conseguido gerar um número significativo de empregos diretos e indiretos.

​

Na primeira safra da Companhia, ocorrida em 2018, foram processadas 700 mil toneladas de cana-de-açúcar. Em 2019, foram processadas 1,7 milhões de toneladas, onde nota-se um crescimento na moagem correspondente a 142%. Esse progresso prosseguiu, em 2020 a unidade alcançou moagem de 2,3 milhões de toneladas de cana-de-açúcar, representando um aumento expressivo de 35% e, na safra 23/24, obteve a moagem recorde de 2,9 milhões de toneladas.

​

A meta da Rio Amambai Agroenergia é atingir a plena capacidade de sua planta industrial, processando 3.142.000 toneladas de cana-de açúcar nos próximos anos.